Sterilizacija čistih prostorov pomeni uničenje ali odstranitev vseh mikroorganizmov (vključno z bakterijami, virusi itd.) v snovi, kar je absolutnega pomena.Z drugimi besedami, sterilizacija ustreza nesterilizaciji in ni vmesnega stanja več sterilizacije in manj sterilizacije.S tega vidika absolutna sterilizacija skorajda ne obstaja, ker je težko dosegljiva oziroma dosega neskončno dolgo.
Običajno uporabljene metode sterilizacije vključujejo predvsem: sterilizacijo s sušenjem pri visoki temperaturi, sterilizacijo s paro pod visokim pritiskom, sterilizacijo s plinom, sterilizacijo s filtri, sterilizacijo s sevanjem itd.